Para conocer el porqué de la construcción de esta iglesia es necesario conocer la leyenda de Augas Santas. Armeá era una población galaico-romana que se encontraba muy cerca del actual santuario de Augas Santas. Cuando Olibrio, prefecto romano, conoció a Mariña, una huérfana pastora, este se enamoró perdidamente de ella, pero no fue correspondido. Ante la resistencia y la negativa de abandonar la doctrina cristiana, la joven Mariña, padeció numerosos martirios a manos de dicho prefecto, pero ninguno consiguió cambiar la idea de esta santa que, además, milagrosamente, a los tres días estaba totalmente sanada de sus calamidades.
Se dice que existió un templo anterior del siglo VIII o IX, en el cual se descubrió el sepulcro de la santa y sobre el cual se construyó el mausoleo o Camarín da Santa, que hoy se sitúa en el interior de la iglesia.
En el lugar donde fue decapitada, porque finalmente el prefecto romano lo ordenó así, se construyó una iglesia románica del siglo XII compuesta de tres naves y falso triforio al igual que la vecina iglesia del monasterio de Xunqueira de Ambía y el de Aciveiro. Estas naves se separan por medio de pilares con columnas adosadas. El arco triunfal es ligeramente apuntado. En la parte superior de cada una de las naves se encuentra un rosetón que da a luz a la iglesia. Arcos formeros y fajones sostienen la cubierta, en su día pétrea, pero hoy es de madera. El torreón, donde se encuentra un reloj y un campanario, y las torres de las calles laterales, son barrocas, del siglo XVIII.
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