La fundación de este Monasterio, regentado por monjas, será inducido y gestionado en 1268 por la Reina Doña Violante, esposa del rey de Castilla y León Alfonso X el Sabio. La Reina vivió en el convento a partir de las discrepancias familiares por la sucesión de la corona, protagonizadas por los infantes de la Cerda y su hijo Sancho IV.
El fallecimiento de la reina Dña. Violante en Roncesvalles, en el año 1300 cuando volvía de peregrinar a Roma, supuso el final de la primera época fundacional marcada por la tutela de la propia fundadora y dejando, además de las disposiciones testamentarias, el problema de su enterramiento en este monasterio, asumiendo el monasterio la condición de PANTEÓN, siendo enterrados con posterioridad el infante Felipe, nieto de la reina, y de su esposa Margarita de la Cerda.
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